批量AlphaFold3预测蛋白结构

AlphaFold3相比其他结构预测工具，优势在于能够预测复合物（包括但不限于蛋白复合物、DNARNA复合物、翻译后修饰等），因此相比其他预测工具具有独一无二的优势。图一为作者预测的基因编辑器CRISPR-Cas9系统中的 “Cas9-DNA-RNA复合物结构”，可以看到其与实验结构高度一致。

AlphaFold3截至目前（202409）还没有开源，并且该神经网络由于参数量巨大、需要GPU运算等原因，对小公司或个人来说难以部署到本地服务器上，因此目前如果想使用AlphaFold3只能在谷歌服务器上提交任务。每个谷歌账号每天只能提交20个任务，而我需要预测几千个从头设计的序列的结构，因此需要多个谷歌账号提交多天任务。每一个任务之间仅有蛋白质序列的差异，因此为了解决此繁琐的重复性工作，我编写了一个自动化流程。仅需要手动登录账号到谷歌浏览器，然后运行自动化，便可以自动提交20个任务。换下一个账号后，继续自动化运行。可以极大的减少工作强度。

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图一 AlphaFold3预测的复合物结构（蓝色）与实验解析的复合物结构（白色，5f9r）叠合，误差RMSD=1.08A